Plusieurs problèmes de santé rencontrés chez le cobaye découlent d'une alimentation inadaptée. En effet, il est possible de prévenir plusieurs problèmes chroniques tout simplement en suivant certaines règles de base.
Le cobaye nécessite une alimentation riche en fibres. Celles-ci sont importantes pour le maintien d'une motilité gastro-intestinale, pour l'équilibre de la flore bactérienne intestinale, et pour l'usure normale des dents.
Le foin devrait être la source principale de fibres. Il doit être offert à volonté et disponible en tout temps. Le foin peut provenir de plusieurs plantes, lesquelles n'ont pas toutes les mêmes qualités nutritionnelles. Les foins à privilégier sont ceux à base de graminées ou de céréales (le foin de fléole, ou « Timothé », par exemple). Les foins de légumineuses, comme le foin de luzerne, sont fréquemment vendus en animalerie et ressemblent beaucoup aux foins de graminées. Cependant, ces foins sont riches en protéines et en calcium; et bien que ces éléments soient importants pour les animaux en croissance ou en lactation, ils favorisent l'embonpoint et les problèmes urinaires chez le cobaye adulte.
Les légumes verts feuillus constituent une autre bonne source de fibres, et offrent aussi plusieurs nutriments qui ne sont pas présents dans le foin. Ils doivent être offerts frais tous les jours, à raison d’au moins une tasse par jour. Il est important de diversifier les légumes, car ils ne procurent pas tous les mêmes éléments nutritifs; certains peuvent même mener à des déséquilibres s'ils sont donnés en quantité trop importante (le chou frisé est riche en calcium, par exemple). Les laitues, le persil, l'aneth, la coriandre, le basilic, la menthe, le cresson, les feuilles de pissenlit, de céleri et de betteraves, la chicorée, l'escarole, la roquette, le chou frisé, les choux de Bruxelles, la bette à carde et les feuilles de carottes sont bien appréciés par les cobayes. Les légumes à haute teneur en sucre, comme les carottes ou les poivrons, peuvent être offerts en quantité limitée. En effet, les aliments sucrés, particulièrement les fruits, peuvent déstabiliser l'équilibre délicat de la flore bactérienne intestinale du cobaye; il est donc conseillé de n'en donner qu'en gâterie occasionnelle.
Plusieurs diètes commerciales pour cobayes sont disponibles en animalerie. Il est conseillé d'acheter une moulée sans ajout de fruits, légumes ou grains séchés; les cobayes ont tendance à sélectionner ces éléments au détriment de la moulée simple. Celle-ci est composée de foin, et, comme pour le foin lui-même, il est recommandé de choisir une moulée à base de foin de graminées plutôt que de légumineuses. Malgré le fait que la moulée soit produite à base de foin, celui-ci est finement haché dans la moulée et ne procure pas tous les bénéfices du foin non traité. La moulée donnée à volonté peut contribuer à des problèmes digestifs, dentaires, et d'embonpoint. Il est donc conseillé de la limiter à 1/4 de tasse par jour.
Les cobayes ont aussi besoin d'un apport nutritionnel de vitamine C. Plusieurs moulées en contiennent, mais il est conseillé de favoriser un apport supplémentaire. Plusieurs légumes verts feuillus sont riches en vitamine C, dont le chou frisé, la bette à carde, les choux de Bruxelles. Les poivrons, kiwis, fraises et mangues peuvent être offerts aux cobayes en quantité limitée afin de leur procurer la vitamine C. Il est aussi possible de donner de la vitamine C sous forme de comprimé ou poudre, mais cela n'est pas généralement nécessaire quand l'alimentation est variée et équilibrée.
Les cobayes sont très sensibles aux changements alimentaires et un changement brusque peut provoquer de graves problèmes médicaux. Tout changement devrait être fait de façon graduelle et sous surveillance. Certains cobayes peuvent refuser de manger des aliments parce qu'ils ont un problème de santé (le foin peut être difficile à mastiquer pour un cobaye ayant un problème dentaire, par exemple). Il est conseillé de consulter votre vétérinaire afin d'établir un plan alimentaire adapté à votre cobaye.
Julie Hébert, DMV, Dipl. ABVP (pratique aviaire)